石门得名于大老山公路旁的石门山，它是女婆山西北支脉，山上有不少奇石巨岩，怪石嶙峋。[3]现时称为“石门”的区域，在1970年代尚未填海前，是沙田海的一部分，当时的海岸线大约位于现今大老山公路一带，而当年的石门就是位于沿岸的位置。填海后，这大幅土地继大围和火炭之后，被划为工业区。但在石门站启用前，除了石门交汇处外，该区并没有任何以“石门”命名的建筑物及地标，沙田居民一般称该区为小沥源。
1990年代由于香港工业北移，石门工业区重新规划，将区内发展地盘面积加大，增加楼宇使用效率，再放宽建筑高度；而区内因应大型车辆的需要，加大道路的转角位角度，行人道亦相应加阔，为美化环境，加上种植地带。政府逐步放宽对工业区的规划限制，更于2000年起转型成商贸区。区内的工贸大厦群与三个靠近城门河的私人屋苑以大涌桥路分隔。
2010年一幅位于安耀街、安群街与安丽街交界、沙田市地段第433号的商贸用地，以8.16亿元批予汇丰银行，年期为50年。汇丰表示将于该地建后勤中心。同年政府有意在安兴里兴建骨灰龛场，遭到当地居民强烈反对。
2011年底，亿京发展投得的两幅靠近马铁石门站的安群街商业地皮，其中安群街1号最近拆售成交呎价约8,000多元，而2014年，新地以6.7亿夺得石门安耀街商贸地。
到2013年，政府为解决住屋单位不足问题，房署兴建4幢楼高33至47层的超高层公屋，提供3,010个单位，于2014年动工，预计2017年入伙。[4]
到2016年5月，政府有意于石门兴建有4万个龛位的公营骨灰龛场，虽居民强烈反对，但区议会以25票赞成，3票反对，8票弃权下，通过支持兴建。[5]
到2017年京瑞广场落成后，由于商场以特色的街坊小店为主，吸引了不少人特地来觅食，导致区内人流大幅增加，亦成为新兴商贸地带。[6][7]